Helsingistä Müncheniin suorat lennot laskeutuvat kaupungin lentokentälle, eli Franz Josef Straußin lentoasemalle, joka sijaitsee noin 28 kilometrin päässä kaupungista sen koillispuolella. Münchenin lentokenttä kuuluu Euroopan vilkkaimpien ja suurimpien kenttien joukkoon, sillä keskeinen sijainti tekee siitä solmukohdan lentoliikenteelle. Halvat lennot Helsingistä Müncheniin löytyvät normaalisti vaivatta, sillä lentoliikenne kaupunkiin on vilkasta myös Suomesta. Kentällä on kaksi terminaalia.
Liikkuminen kentältä keskustaan sujuu helposti S-bahn-junalla, jonka S1- ja S8 -linjat kulkevat keskustan ja kentän välillä. Matka keskustaan kestää noin 45 minuuttia, ja junat lähtevät lentokentältä noin 10 minuutin välein. Kentän ja keskustan välillä liikennöi myös Lufthansan oma bussi sekä Flixbus, jonka avulla pääsee myös Münchenin lähialueille.